Die Geschichte des Universums ist wohl die wichtigste Legende in den Geschichtsbüchern Dainos. Obwohl kein Professor jemals die Wahrheit dahinter erforschen konnte, wirkt sie dennoch sehr realistisch und glaubwürdig, sodass die Bewohner der Daino-Region auch wie besessen daran festhalten.

Man erzählt sich von einem schwarzen und leeren Nichts, dessen einzige Lichtquelle aus einem kleinen, goldenen Ei bestand. Dieses Ei strahlte eine wohlige Wärme aus und vertrieb dadurch die Kälte der scheinbar ewig währenden Schwärze. Je länger es existierte, desto mehr vertrieb es das Nichts und als das Ei schließlich schlüpfte, ward von der Schwärze nichts mehr gesehen. Ein Pokémon, so edel und anmutig wie ein Gottesabbild und mit dem Namen Arceus, wurde aus dem Ei geboren.
Da es das einzige Lebewesen in diesem Nichts war, erkannte es seine Umgebung schnell als Heimat an und beschloss daher, es nach seinem Belieben zu formen.


Es erschuf durch seine Kräfte das Pokémon Dialga, welches von nun an als Herrscher der Zeit dienen sollte. Arceus sah, dass seine Taten gut waren und erkannte, wie sich das Nichts langsam zu verändern schien. Doch das war dem Pokémon nicht genug. Ein weiterer Helfer musste her!
Es erschuf daher das Pokémon Palkia, das dem Nichts, das nun von der Zeit getrieben wurde, auch einen Raum gab. Für Arceus war seine Umgebung nun erkennbarer. Trotzdem fehlte noch etwas. Arceus hatte zwar den Raum und auch die Zeit, doch wollte sich mithilfe dieser beiden Dinge nicht das formen, was sich das Schöpferpokémon eigentlich vorgestellt hatte. Und so beschloss es, noch einen dritten Helfer zu beschwören, der die beiden vorhandenen Dinge zu einem verschmolz: Giratina.
Als Ergebnis musste Arceus beobachten, wie sich Raum und Zeit in einer gewaltigen Implosion zusammentaten und das, was vorher noch aus Leere und Chaos bestand, zu 'seiner Welt' machten. Und der Schöpfer war stolz auf das, was die Verbindung der drei Pokémon aus dem Nichts gemacht hatte. Trotzdem überkamen Arceus Zweifel über die Kraft, die er Giratina geschenkt hatte und so verbannte ihn zur Sicherheit in einen abgeschiedenen Bereich, den Dialga und Palkia auf Arceus Wunsch hin erschufen. Dieser Bereich nannte sich Weltenstörung und hatte den Zweck, die destruktive Macht Giratinas zu unterbinden und von der neu erschaffenen Welt fernzuhalten. Giratina, der so gar nicht erfreut war, schleuderte all seine Energien auf Arceus und seine Partner, musste aber schnell feststellen, dass die vereinten Kräfte der Schöpferpokémon stark genug waren, ihm seine Energie zu entziehen und zu schwächen. Das Pokémon musste sich gegen seinen Willen fügen und geriet bald in Vergessenheit...


In der Zwischenzeit waren Arceus, Dialga und Palkia damit beschäftigt, die neu errungene Welt zu schmücken und mit Wesen zu beschenken, die ähnliche Eigenschaften hatten wie sie selber. Überall sprossen Eier aus dem Boden und schlüpften zu Wesen, die heute gar nicht mehr aus dem Pokémon-Universum wegzudenken sind. Und Arceus sah, dass es gut war. Er bemerkte aber rasch, dass diese Wesen keine Seele hatten und nicht eigenständig dachten und lebten, sodass er weitere Helfer ins Leben rief: Selfe, Vesprit und Tobutz. Ihnen vermachte Arceus das Einhauchen von Wissen, Emotion und Willenskraft in die erkalteten Körper der Wesen, sodass auf der Welt bald ein reges Treiben herrschte. Die drei bemerkten aber, dass es schnell keine Aufgaben mehr für sie gab und verschwanden inmitten ihrer Kreationen, um mit deren Existenz zu verschmelzen. So wie bei Giratina, wurde bald kein Wort mehr über sie gesprochen.


Nun gab es aber das Problem, dass manche Pokémon Eigenschaften aufwiesen, die sich mit den Eigenschaften anderer nicht verstanden und Arceus bemerkte, dass eine weitere Änderung stattfinden musste. Die Wesen brauchten Lebensräume, die zu ihnen passten und diese würde er ihnen auch gewähren. Er erschuf drei neue Helfer: Kyogre, Groudon und Rayquaza.
Die drei wurden dazu auserkoren, das Festland, auf dem sich die Wesen befanden, in drei Teile aufzuspalten: Dort, wo Kyogre wütete, entstanden gewaltige Meeresfluten, in denen sich einige der Pokémon frohlockend hineinwarfen und als neuen Lebensraum anerkannten. Groudon - von Kyogres Beispiel sichtlich motiviert - kümmerte sich derweil um die Formung des Festlandes, schlug Höhlen und Felsen aus dem Boden und erschuf riesige Krater mit brodelnder Lava, damit auch die nächste Gruppe zufrieden war. Es blieben aber noch weitere Pokémon übrig, die mit dem Festland zwar etwas anfangen, ihr volles Potenzial aber nirgendwo entfalten konnten. Rayquaza bemerkte das und kümmerte sich um die Luft, welche die Erde umgab. Auch schenkte er den Wesen die Fähigkeit, ihre Flügel auszubreiten und genau wie er durch die Lüfte zu fliegen. Arceus, der das Werk seiner Helfer sah, überkam der Stolz, als er alle drei für ihre Mithilfe lobte. So wie seine anderen Helfer, gaben sich die drei zur Ruhe und verschmolzen mit der neuen Welt.


Arceus, Dialga und Palkia starrten auf das Leben hinab, das sie erschaffen hatten. Die Pokémon lebten friedlich zusammen, vermehrten sich rasch und gewöhnten sich nach einiger Zeit an ihren neuen Lebensraum, was die Welt, die erschaffen wurde, eigentlich zu etwas Perfektem machte. Aber Arceus empfand dies nur teilweise. Diese andauernde Friedlichkeit wurde ihm auf Dauer zu eintönig und langweilig, sodass er beschloss, noch eine letzte Veränderung an seiner Welt vorzunehmen.

Er erschuf die Menschen und ließ sie parallel zu den Pokémon auf der Welt einziehen. Jedes Menschenvolk erhielt von ihm einen Wächtergolem, mit dessen Hilfe es ihnen einfach fiel, ihre Regionen und dazugehörigen Städte zu erbauen.


Als er sah, dass seine Schöpfung langsam Früchte trug und sich eine klare Rangordnung entwickelte, die es beiden Rassen erlaubte, ohne Arceus Hilfe zu überleben, beschloss der Schöpfer, sich zur Ruhe zu setzen. Er schickte Dialga und Palkia ebenfalls auf die Erde und versetzte sich selbst in einen tiefen Schlummer. Die Menschen, die noch von der Existenz der Schöpfer wussten, verbreiteten diese Kunde in ihren Reihen. Trotzdem verblassten diese Informationen von Jahrhundert zu Jahrhundert, sodass heute nicht einmal mehr gesagt werden kann, ob dies wirklich der Wahrheit entsprach. Die Geschichten über die legendären Pokémon wurden zu Legenden und Menschen, die sich dafür interessierten, schrieben sie nieder. Genauso wie der Schriftsteller, der die Geschichte der Entstehung der Welt in Daino verbreitet hat.